lncrna引物设计

长链非编码RNA（lncRNA）的引物设计是一个关键步骤，用于后续的实时定量PCR（RT-qPCR）验证。以下是lncRNA引物设计的一些重要考虑因素：

• 选择信号值较高的探针进行验证，优先选择Flag标记为P（代表组间差异大）的探针，信号值应大于7。

• 设计引物时，应位于探针序列附近，确保PCR扩增产物序列包含芯片上探针的序列。

• 引物设计后，需对引物的扩增效果进行验证，确保引物的溶解曲线良好，扩增Ct值在20~25之间。
• 用于芯片结果验证的样本应与用于芯片实验的样本为同一样本，以保证结果的一致性。
• 引物应设计在lncRNA序列的保守区内，并具有特异性。

• 扩增产物长度应在80~150bp之间，G+C含量在40%~60%之间。
• 避免产物形成二级结构，引物自身及之间不能有连续4个碱基的互补。
• 引物长度一般在15~30碱基之间，5'端可以修饰，3'端不可修饰，并应避开密码子的第3位。

此外，进行lncRNA引物设计时，还需考虑lncRNA的类型、表达丰度、变化倍数等因素。

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